2010/04/29

Marvin Sketchを使う ~基本操作編 つづき

前回までで酢酸2分子をつくって左右反転するとことまでできていた。

今回はそれをくっつけて無水物を作ってみたい。
現状は、
上図のようになっている。
図は一方の分子のOをポイントした状態

このO原子をもう一方の-OHにドラッグしてみる
ドラッグ中...
この状態で放すと
完成!

・・・・といってもあまりにバランスの悪い形ですので、修正してみる

全体を選択し、([CTRL]+[A]もしくは範囲指定と同様にドラッグして)
Structure > Clean 2D > Clean in 2D

こんな感じ
素人でもそれっぽく見える。回転させてみる
選択した状態で分子をポイントしてみると、こんなギザギザが出る
ドラッグして回転してみると
(ドラッグ中はギザギザがでっかくなる)
これで今度こそ完成!

※いや、端っこのメチル基は邪魔だという人は、
View > Implicit Hydrogens > Offにすればいい

※いや、邪魔どころかメチル基の水素も省略せず出したいという人は
Structure > add > Add Explicit Hydrogens

※というか立体構造が見たいという人は、
全体を選択して
Structure > Clean 3D > Clean in 3D
そして、
View > Open MarvinView 3D

・・・ということで、今のところ自分が使える機能はこのくらいです。

立体構造は色々いじるとこんなのもできる
これは酢酸エチル。

あとで立体構造についての記事も書く予定。

3 件のコメント:

  1. 私がTOXNETにあるMarvinで試してみたところ、3Dで炭素原子にCの文字が出なかったりするんですが、バージョンの違いなんでしょうか?


    「名前」を選択するとなぜか書き込めないので匿名にします。

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  2. 3D表示の時の「C」の文字に関してお答えいたします。

    確かに設定をしないとCは表示されない模様です。

    Edit > Preferencesの順にメニューを進み、
    Structureのタブに進みます

    すると、Carbon Labelsという項目がありますので、
    Always
    に設定し、OKを押しますと炭素のCが省略されず全て表示されるようになります。

    最近アップデートしていないのでもしかしたらば若干違うかもしれませんが参考にしてください

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  3. ありがとうございます。
    早速試したところ、Cと表示されるようになりました。

    http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/
    ただ、私が使っていたのはここのだったのですが、Cは出るようになったものの、水素のHの表示に関する選択肢がなかったため、
    下記の公式サイトのデモで試してみました。
    http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.php
    すると水素の表示に関するチェックボックスはあったのですが、今度は3D表示画面で水素原子を省略するかどうかのコマンドがありませんでした。
    多分、デモ版なので省略されているのだと思います。

    あとで、ダウンロードして試して見ます。

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